1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Почвоведение
  4. № 6, 2023

Почвоведение, 2023, № 6, стр. 730-744

Обилие и разнообразие микроорганизмов в почвах и сопряженных субстратах (опаде и “подвешенной почве”) некоторых заповедников Вьетнама

А. В. Князева a, b, *, Л. В. Лысак a, **, Е. В. Лапыгина a, А. В. Александрова a

a МГУ им. М.В. Ломоносова
119991 Москва, Ленинские горы, 1, Россия

b Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН
142290 Пущино, пр-т Науки, 5, Россия

* E-mail: aknyazeva1999@gmail.com
** E-mail: lvlysak@mail.ru

Поступила в редакцию 18.10.2022
После доработки 26.12.2022
Принята к публикации 28.12.2022

Аннотация

Проведено комплексное исследование почвенного прокариотного сообщества зональных ферралитных и интразональных аллювиальных почв Вьетнама, а также сопряженных с ними растительного опада и “подвешенной почвы” из корзинок эпифитных папоротников. Наибольшая численность бактерий, определенная прямым люминесцентным методом, отмечена в образцах ферралитных почв (5.59 млрд кл./г), тогда как длина грибного (2038 м/г) и актиномицетного мицелия (1086 м/г) была наибольшей в аллювиальных почвах. В среднем, наибольшие показатели общей численности и длины актиномицетного и грибного мицелия зарегистрированы в горных ферралитных почвах. Актинобактерии, в частности бактерии рода Streptomyces, вносят значительный вклад в деструкцию растительного материала. В прокариотном сообществе зональной красно-желтой гумусно-ферралитной почвы преобладали бактерии филумов Firmicutes (80%) и Proteobacteria (15%), в образце “подвешенной почвы” – филумы Proteobacteria (51%), Actinobacteria (38%). Значительно меньше представлены филумы Chloroflexi, Acidobacteria, Bacteroidetes и Cyanobacteria. При значительных различиях на уровне родов в исследованных субстратах выделены следующие функциональные группировки микроорганизмов: деструкторы ксенобиотиков, бактерии цикла азота, экстремофилы, а также бактерии-ингибиторы роста микромицетов. Метаболически активная часть прокариотного сообщества, представленная филумами Proteobacteria, Actinobacteria и Acidobacteria, была наибольшей в “подвешенной почве”, меньшей – в опаде и горизонте А красно-желтой гумусно-ферралитной почвы, что соотносилось с высокой численностью этих филумов и значительным таксономическим разнообразием бактерий в этом локусе. Функциональные гены: nifH – ген, кодирующий субъединицу нитрогеназы, и alkB, кодирующий алкан гидроксилазу – детектированы во всех исследованных субстратах. Численность копий функциональных генов была наибольшей в образце “подвешенной почвы”, что делает этот локус перспективным для выделения штаммов с высоким биотехнологическим потенциалом.

Ключевые слова: численность бактерий, ДНК-метабаркодинг, численность копий nifH и alcB генов, Ferralsol

Список литературы

  1. Дорченкова Ю.А., Грачева Т.А., Лысак Л.В. Характеристика актиномицетных комплексов заповедника Пу Хоат // Почвоведение. 2022. № 4. С. 482–487.

  2. Егоров В.В., Иванова Е.Н., Фридланд В.М., Розов Н.И. Классификация и диагностика почв СССР. М.: Колос, 1977. 30 с.

  3. Еськов А.К. Экофизиологическая классификация сосудистых эпифитов как теоретическая предпосылка формирования коллекций и сообществ эпифитных растений в условиях оранжерейной культуры // Естественные и техн. науки. 2012. № 4. С. 93–98.

  4. Еськов А.К., Абакумов Е.В., Тиунов А.В., Кузнецова О.А., Дубовиков Д.А., Прилепский Н.Г., Антипина В.А., Кузнецов А.Н. Агеотропные воздушные корни-улавливатели гнездовых эпифитов и их роль в формировании подвешенных почв // Журн. общ. биол. 2017. Т. 78. № 3. С. 54–68.

  5. Еськов А.К., Прилепский Н.Г., Антипина В.А., Абакумов Е.В., Ван Тхинь Н. Формирование эпифитных сообществ в искусственных лесных посадках Южного Вьетнама // Экология. 2020. № 3. С. 171–180. https://doi.org/10.31857/S0367059720030075

  6. Калашникова К.А., Коновалова О.П., Александрова А.В. Почвообитающие микроскопические грибы муссонного диптерокарпового леса (заповедник Донг Най, Южный Вьетнам) // Микология и фитопатология. 2016. Т. 50. № 2. С. 97–107.

  7. Князева А.В., Лысак Л.В., Манучарова Н.А., Лапыгина Е.В., Александрова А.В. Численность и таксономическое разнообразие прокариот аллювиальной бурой почвы и сопряженных субстратов (Вьетнам, заповедник Пу Хоат) // Почвоведение. 2022. № 10. С. 1290–1300.

  8. Ковязин В.Ф., Данг Т.Л., Данг В.Х. Прогноз состояния растительного покрова лесных угодий заповедника Донг Най Вьетнама // Вестник СГУГиТ. 2020. Т. 25. № 3. С. 214–228.

  9. Кузнецов А.Н., Кузнецова С.П. Структура и функции почвенного населения муссонного тропического леса национального парка Кат Тьен, Южный Вьетнам. М.: Лесная растительность, 2011. С. 16–43.

  10. Лапыгина Е.В., Лысак Л.В., Грачева Т.А., Кудинова А.Г. Структура микробных сообществ красных ферралитных почв национального парка Варадеро (провинция Матансас, остров Куба) // Изв. РАН. Сер. биол. 2015. С. 244–249.

  11. Лысак Л.В., Лапыгина Е.В., Конова И.А., Звягинцев Д.Г. Численность и таксономический состав наноформ бактерий в некоторых почвах России // Почвоведение. 2010. № 7. С. 819–824.

  12. Лысак Л.В., Добровольская Т.Г., Скворцова И.Н. Методы оценки бактериального разнообразия почв и идентификации почвенных бактерий. М.: МАКС Пресс, 2003. 120 с.

  13. Манучарова Н.А., Ксенофонтова Н.А., Белов А.А., Каменский Н.Н., Арзамазова А.В., Зенова Г.М., Кинжаев Р.Р., Трофимов С.Я., Степанов А.Л. Прокариотный компонент нефтезагрязненной торфяной олиготрофной почвы при разном уровне минерального питания // Почвоведение. 2021. № 1. С. 80–89. https://doi.org/10.31857/S0032180X2101010X

  14. Манучарова Н.А., Ксенофонтова Н.А., Каримов Т.Д., Власова А.П., Зенова Г.М., Степанов А.Л. Изменение филогенетической структуры метаболически активного прокариотного комплекса почв под влиянием нефтяного загрязнения // Микробиология. 2020. Т. 89. № 2. С. 222–234. https://doi.org/10.31857/S0026365620020093

  15. Наумов В.Д. Почвы тропиков и субтропиков и их сельскохозяйственное использование. М.: Колос, 2010. 361 с.

  16. Нгуен Ты Сием, Фридланд В.М., Орлов Д.С. Состав и свойства гумусовых веществ главнейших почв Северного Вьетнама // Почвоведение. 1977. № 8. С. 39–54.

  17. Околелова А.А., Тхинь Нгуен Ван, Авилов В.К. Свойства основных типов почв Биосферного Заповедника Донг Най (Южный Вьетнам) // Региональные геосистемы. 2014. № 10(181).

  18. Першина Е.В., Чернов Т.И. Генетическая информация в почве // Основные достижения и перспективы почвенной метагеномики. СПб.: Информ-Навигатор, 2017. С. 9–18.

  19. Полянская Л.М., Гейдебрехт В.В., Степанов А.Л., Звягинцев Д.Г. Распределение численности и биомассы микроорганизмов по профилю зональных типов почв // Почвоведение. 1995. № 5. С. 566–572.

  20. Почвоведение / Под ред. Ковды В.А., Розанова Б.Г. М.: Высш. шк., 1988. 400 с.

  21. Почвообразовательные процессы / Под ред. Симаковой М.С., Топконогова В.Д. М.: Почв. ин-т им. В.В Докучаева, 2006. 510 с.

  22. Феоктистова Н.В., Марданова А.М., Хадиева Г.Ф., Шарипова М.Р. Ризосферные бактерии // Ученые записки Казанского ун-та. Сер. Естественные науки. 2016. № 2. С. 207–224.

  23. Чернов Т.И., Железова А.Д., Тхакахова А.К., Бгажба Н.А., Зверев А.О. Микробиомы целинных почв тропических лесов южного Вьетнама // Микробиология. 2019. Т. 88. № 4. С. 479–489.

  24. Abakumov E.V., Rodina O.A., Eskov A.K. Humification and humic acid composition of suspended soil in oligotrophous environments in South Vietnam // Appl. Environ. Soil Sci. 2018. V. 1. P. 1–8. https://doi.org/10.1155/2018/1026237

  25. Avguštin J.A., Bertok D.Ž., Avguštin G. Isolation and characterization of a novel violacein-like pigment producing psychrotrophic bacterial species Janthinobacterium svalbardensis sp. nov. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2013. V. 103. P. 763–769. https://doi.org/10.1007/s10482-012-9858-0

  26. Baig Z.T., Abbasi S.A., Memon A.G., Naz A., Soomro A.F. Assessment of degradation potential of Pseudomonas species in bioremediating soils contaminated with petroleum hydrocarbons // J. Chem. Technol. Biotechnol. 2022. V. 97. P. 455–465. https://doi.org/10.1002/jctb.6820

  27. Benzing D.H. Vascular Epiphytes: General Biology and Related Biota. Cambridge: Cambridge University Press, 1990.

  28. Blecher H., Blecher R., Wegst W., Eberspaecher J., Lingens F. Bacterial degradation of aminopyrine // Xenobiotica. 1981. V. 11. P. 749–754. https://doi.org/10.3109/00498258109045878

  29. Bohlman S.A., Matelson T.J., Nadkarni N.M. Moisture and temperature patterns of canopy humus and forest floor soil of a mountain cloud forest, Costa Rica // Biotropica. 1995. V. 27. P. 13–19.

  30. Caporaso J., Kuczynski J., Stombaugh J. et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data // Nat Methods. 2010. V. 7. P. 335–336. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303

  31. Coss-Navarrete E.L., Díaz-Valle A., Alvarez-Venegas R. Induction of plant resistance to biotic stress by priming with β-aminobutyric acid (BABA) and its effect on nitrogen-fixing nodule development // Academic Press. 2020. P. 101–114. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-817892-8.00006-4

  32. Donald J., Maxfield P., Leroy C., Ellwood M.D. Epiphytic suspended soils from Borneo and Amazonia differ in their microbial community composition // Acta Oecologica. 2020. V. 1. P. 106. https://doi.org/10.1016/j.actao.2020.103586

  33. Eskov A.K., Zverev A.O., Abakumov E.V. Microbiomes in Suspended Soils of Vascular Epiphytes Differ from Terrestrial Soil Microbiomes and from Each Other // Microorganisms. 2021. V. 9. P. 1033. https://doi.org/10.3390/microorganisms9051033

  34. Fierer N., Jackson J.A., Vilgalys R., Jackson R.B. Assessment of Soil Microbial Community Structure by Use of Taxon-Specific Quantitative PCR Assays // App-l. Environ. Microbiol. 2005. V. 7. P. 4117–4120. https://doi.org/10.1128/AEM.71.7.4117-4120.2005

  35. Gargallo-Garriga A., Sardans J., Alrefaei A.F., Klem K., Fuchslueger L., Ramírez-Rojas I., Donald J., Leroy C. et al. Tree Species and Epiphyte Taxa Determine the “Metabolomic niche” of Canopy Suspended Soils in a Species-Rich Lowland Tropical Rainforest // Metabolites. 2021. V. 11. P. 718.

  36. Huo Y., Kang J.P., Ahn J.C., Yang D.U., Yang D.C. Ornithinimicrobium panacihumi sp. nov., Antagonistic Bacteria Against Root Rot Fungal Pathogens, Isolated from Cultivated Ginseng Soil // Current Microbiol. 2019. V. 76. P. 22–28. https://doi.org/10.1007/s00284-018-1579-9

  37. Leys N.M., Ryngaert A., Bastiaens L., Verstraete W., Top E.M., Springael D. Occurrence and phylogenetic diversity of Sphingomonas strains in soils contaminated with polycyclic aromatic hydrocarbons // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. P. 1944–1955. https://doi.org/10.1128/AEM.70.4.1944-1955.2004

  38. Lincoln S.P., Fermor T.R., Tindall B.J. Janthinobacterium agaricidamnosum sp. nov., a soft rot pathogen of Agaricus bisporus // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1999. V. 49. P. 1577–1589. https://doi.org/10.1099/00207713-49-4-1577

  39. Mohagheghi A., Grohmann K., Himmel M., Leighton L., Updegraff D.M. Isolation and characterization of Acidothermus cellulolyticus gen. nov., sp. nov., a new genus of thermophilic, acidophilic, cellulolytic bacteria // Int. J. Syst. Bacteriol. 1986. V. 36. P. 435–443. https://doi.org/10.1099/00207713-36-3-435

  40. Prashar P., Kapoor N., Sachdeva S. Rhizosphere: Its structure, bacterial diversity and significance // Rev. Environ. Sci. BioTechnol. 2013. V. 13. P. 63–77. https://doi.org/10.1007/s11157-013-9317-z

  41. Pruesse E., Quast C., Knittel K. et al. SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB// Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 7188–7196. https://doi.org/10.1093/nar/gkm864

  42. Rob J.M. van Spanning, David J. Richardson, Stuart J. Ferguson. Introduction to the Biochemistry and Molecular Biology of Denitrification / Biology of the Nitrogen Cycle. Elsevier, 2007. P. 3–20. https://doi.org/10.1016/B978-044452857-5.50002-3

  43. Rogel M.A., Hernández–Lucas I., Kuykendall L.D., Balkwill D.L., Martinez–Romero E. Nitrogen-fixing nodules with Ensifer adhaerens harboring Rhizobium tropici symbiotic plasmids // Appl. Environ. Microbiol. 2001. V. 67. P. 3264–3268. https://doi.org/10.1128/AEM.67.7.3264-3268.2001

  44. Setiawan A., Setiawan F., Juliasih N., Widyastuti W., Laila A., Setiawan W.A., Djailani F.M. et al. Fungicide Activity of Culture Extract from Kocuria palustris 19C38A1 against Fusarium oxysporum // J. Fungi. (Basel). 2022. V. 8. P. 280. https://doi.org/10.3390/jof8030280

  45. Walsh C.M., Gebert M.J., Delgado–Baquerizo M., Maestre F.T., Fierer N. A Global Survey of Mycobacterial Diversity in Soil // Appl. Environ. Microbiol. 2019. V. 85. P. 180. https://doi.org/10.1128/AEM.01180-19

  46. Wang J., Zhang J., Ding K., Xin Y., Pang H. Brevundimonas viscosa sp. nov., isolated from saline soil // Int. J. Systematic Evolutionary Microbiol. 2012. V. 62. P. 2475–2479. https://doi.org/10.1099/ijs.0.035352-0

  47. World Reference Base for Soil Resources 2014, Update 2015. International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. Rome: FAO, 2015.

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Почвоведение

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал